Az eredeti, 1877-ben átadott hidat már az 1900-as évek elején át kellett építeni. 1913-ban adták át a forgalomnak a második, kétvágányos, vonóvasas szerkezetét, amely azonban a második világháborúban megsemmisült. Az újjáépítés nem is tudott azonnal megindulni, 1944-45 között ideiglenes, provizórikus szerkezeteket építettek a forgalom számára. Később, 1946-ban adták át az egyvágányú, félállandó jellegű, úgynevezett „K”-hidat, ezt követően pedig 1948-ban és 1953-ban készültek el két vágánnyal azok az állandó hídszerkezetek, amelyek napjainkig szolgálták a vasúti forgalmat.
Ezek a szerkezetek azonban a 2010-es évek elejére annyira leromlottak, fő tartószerkezetük olyan mértékben károsodott, hogy ismét szükségessé vált az átépítésük. Ekkor azonban már – a híd kiemelt forgalmi szerepére tekintettel – háromvágányos szerkezetben gondolkodtak.
A korszerűsítésről 2015-ben született döntés, a kivitelezési munkálatok azonban csak 2019-ben, több évnyi előkészítési munkát követően indulhattak meg a budai oldalon, egy próbacölöp elkészítésével.
Több mint 173 milliárd köbméter víz folyt le a Dunán a munkálatok ideje alatt
2020 szeptemberében érkezett meg a két úszódaru, melyek segítségével megtörténhetett az első szerkezet első elemének beemelése. Ezt aprólékosan megtervezett koreográfia szerint, gyors egymásutánban követte öt másik hídelem, melyekből összeállt az első felszerkezet. Így a kihívások ellenére, 2021. április 25-én átadták a forgalom számára a három új hídszerkezet közül az elsőt.
Ezzel egyidőben megkezdődött a középső híd bontása, majd újjáépítése. Ehhez szintén hat hídelemet kellett a helyszínen, vízi manőverek segítségével a helyére emelni. A második új szerkezeten 2021. december 11-én indulhatott meg a forgalom, miközben elkezdődött a déli oldali régi hídszerkezet bontása is.
2022.május 4-én beemelték a kirakós utolsó darabját, az úgynevezett zárótagot, ezzel a Déli összekötő vasúti Duna-híd új, harmadik szerkezete is átjárhatóvá vált. A vasúti szakági és egyéb, befejező munkák, majd a sikeres próbaterheléseket követően, a mai napon történelmi pillanathoz, a Déli körvasút első mérföldkövéhez érkeztünk, a Duna felett három vasúti vágány ível át.
A Déli körvasút következő ütemében építendő harmadik vágány elkészültéig a vasúti forgalom ezen a legújabb és a középső szerkezeten zajlik majd.
Vitézy Dávid, a Technológiai és Ipari Minisztérium közlekedésért felelős államtitkára elmondta: “A megújult híd nem csak a vasúti személyforgalomban, hanem a nemzetközi teherforgalomban is jelentős szerepet tölt be, mert Európa három kiemelkedően fontos transzeurópai vasúti folyosója vezet át itt. Ezek összekötik a holland kikötőket és Spanyolországot Romániával, a Fekete-tengerrel, a Balkánnal vagy éppen Ukrajnával. A Déli összekötő vasúti Duna-hídon halad át a Magyarország keleti és nyugati országrészei közötti vasúti forgalom mintegy 90 százaléka, beleértve a tranzitforgalmat is. A felújításnak és a kapacitásbővítésnek köszönhetően a híd a következő évtizedekben is megbízhatóan tudja kiszolgálni a vasúti személy- és áruszállítást.”
Pafféri Zoltán, a MÁV Zrt. elnök-vezérigazgatója kiemelte: “Hazánk első vasúti Duna-hídjának jelentősége hatalmas, itt halad át ugyanis az ország teljes kelet-nyugati irányú vasúti forgalmának 90 százaléka. Naponta átlagosan mintegy 100 tehervonat és 140-150 személyvonat halad át az 500 méteres összekötő vasúti hídon, idén júniusig pedig már 1,7 millió belföldi utasunk utazott át így a Dunán. A híd felügyeleti elemei is kiemelkedők, online monitoring-rendszer működik, a híd pályaszerkezet alatti ellenőrzését pedig minden medernyílásba elhelyezett vizsgálókocsi segíti. A három hídszerkezet a nagyobb, felújítás jellegű beavatkozásokat is megkönnyíti majd, vasúti forgalomból származó környezeti zaj- és rezgésterhelést korszerű sínleerősítés, kompozit járólemez-felület és zajárnyékoló fal is csökkenti.”
Kikina Artúr, a NIF Zrt. vasút-fejlesztési igazgatója elmondta: “A híd teljes hossza 510 méter, a felszerkezet hossza 493,6 méter. A híd acélszerkezeti elemeit Lengyelországban gyártották, majd közúton szállították Csepelre, az előszerelés helyszínére. Itt 20 méteres szerkezeteket készítettek, melyekből bárkán összehegesztve alkottak 80 méteres úsztatási egységeket. Ezeket úszóbárka segítségével, vízi úton szállították a beépítés helyszínére. A Rákóczi híd közelsége miatt az elemeket alulról beemelve illesztették a helyükre egy erre a célra tervezett és gyártott, bárkára szerelt hidraulikus emelőmű segítségével.”
A Déli összekötő vasúti Duna-híd fejlesztése a Technológiai és Ipari Minisztérium (jogelőd: Innovációs és Technológiai Minisztérium) megbízásából a NIF Nemzeti Infrastruktúra Fejlesztő zártkörűen működő Részvénytársaság beruházásában valósul meg. A kivitelezést a Duna Aszfalt Zrt. végzi nettó 36 087 028 636 Ft értékben. A Déli összekötő vasúti Duna-hidat a Déli Körvasút fejlesztésének részeként korszerűsítették.